На территории района официально зарегистрировано 13 некоммерческих организаций, которые вносят определенный вклад в развитие системы образования Красноселькупского района. Совместная деятельность системы образования и местной религиозной организацией православный Приход Храма в честь святого мученика Василия Мангазейского села Красноселькуп Красноселькупского района ЯНАО Салехардской Епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) осуществляется в соответствии с действующим Соглашением о социальном партнерстве между Администрацией МО Красноселькупский район и местной религиозной организацией православным Приходом драма в честь святого мученика Василия Мангазейского. В плане предусмотрены мероприятия с обучающимися (воспитанниками) по укреплению нравственных, семейных, гражданских и патриотических ценностей, развитие духовно-нравственного образования и воспитания, благотворительности и милосердия, сохранения исторического и культурного наследия и др.
В рамках межведомственного взаимодействия между МУДО Красноселькупский центр дополнительного образования детей и районной общественной организацией «Федерация спортивного туризма Красноселькупского района» проводятся совместные мероприятия спортивно-туристической направленности. В 2016 году проведены следующие мероприятия: соревнования по спортивному туризму (дистанция пешеходная и лыжная дистанция), трёхдневный пеший туристический поход «Следопыт», соревнования по спортивному ориентированию с участием обучающихся и педагогов, походы выходного дня с участием родителей и т.д.).
Члены Красноселькупской районной общественной организации ветеранов (пенсионеров) войны, труда, вооружённых сил и правоохранительных органов, Красноселькупского хуторского казачьего общества Обско-Полярного отдельского казачьего общества Сибирского войскового казачьего общества на основании межведомственного Плана привлекаются при проведении мероприятий патриотической направленности (вечера - встречи трех поколений: «Время выбрало Вас»; Уроки мужества: «День Неизвестного Солдата», «Нюрнбергский процесс: Кто виноват», «День Памяти Жертв Политических Репрессий», «День Памяти и скорби»; дискуссия по теме «Есть ли герои в наше время»; беседа и кинолектории: «Горячие сердца», «Герои Ямала», «Юные герои Великой Отечественной войны»; акций «Свеча Памяти», «Письмо Неизвестному Солдату», «Ровесники Ямала», обеспечивается совместный уход за памятниками и могилами участников Великой Отечественной войны и т.д.).
Представители общественной организацией «Совет ветеранов отдела внутренних дел Красноселькупского района» являются активными участниками при проведении конкурсных спортивных и профилактических мероприятий.
Представители местного отделения ВПП «Единая Россия» входят в составы конкурсных комиссий по рассмотрению материалов кандидатов, претендующих на присуждение Грантов Главы района, экспертных комиссий муниципальных конкурсных мероприятий, являются общественными наблюдателями при проведении государственной итоговой аттестации.
В рамках социального партнерства и совместных проектов проводится взаимодействие с организациями СОНКО: поисковый отряд «Ямальский плацдарм», г. Салехард; поисковый отряд «Дозорные памяти», пгт Уренгой; военно - патриотический клуб «Память», г. Губкинский; поисковый отряд «Забытый полк», п. Пуровский;поисковый отряд «Ямал», г. Ноябрьск и др.
В план основных мероприятий Управления образования на 2017 год включен раздел «Мероприятия с некоммерческими организациями муниципального образования Красноселькупский район», отчёт о мероприятиях формируется ежемесячно, вносятся мероприятия и представителя организаций, которые приняли участие в учебно-воспитательных мероприятиях.